互動模式和 R 指令碼
互動模式
使用 R 的最基本方式是互動模式。你鍵入命令並立即從 R 獲取結果
使用 R 作為計算器
通過在作業系統的命令提示符下鍵入 R 或在 Windows 上執行 RGui 來啟動 R. 你可以在下面看到 Linux 上的互動式 R 會話的螢幕截圖：
這是 Windows 上的 RGui，是 Windows 下 R 的最基本的工作環境： 
在 > 符號之後，可以輸入表示式。一旦輸入表示式，結果將由 R 顯示。在上面的螢幕截圖中，R 用作計算器：型別
1+1
立即看到結果，2。領先的 [1] 表示 R 返回一個向量。在這種情況下，向量只包含一個數字（2）。
第一個情節
R 可用於生成圖。以下示例使用資料集 PlantGrowth，它與 R 一起作為示例資料集
將以下所有行中的 int 鍵入 R 提示符，該提示符不以 ## 開頭。以 ## 開頭的行用於記錄 R 將返回的結果。
data(PlantGrowth)
str(PlantGrowth)
## 'data.frame': 30 obs. of 2 variables:
## $ weight: num 4.17 5.58 5.18 6.11 4.5 4.61 5.17 4.53 5.33 5.14 ...
## $ group : Factor w/ 3 levels "ctrl","trt1",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
anova(lm(weight ~ group, data = PlantGrowth))
## Analysis of Variance Table
##
## Response: weight
## Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)
## group 2 3.7663 1.8832 4.8461 0.01591 *
## Residuals 27 10.4921 0.3886
## ---
## Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
boxplot(weight ~ group, data = PlantGrowth, ylab = "Dry weight")
建立以下圖：
data(PlantGrowth) 載入示例資料集 PlantGrowth，其是乾燥的植物群的記錄，其受到兩種不同的處理條件或根本沒有處理（對照組）。該資料集以 PlantGrowth 的名稱提供。這樣的名稱也稱為變數 。
要載入你自己的資料，以下兩個文件頁面可能會有所幫助：
str(PlantGrowth) 顯示有關已載入的資料集的資訊。輸出表明 PlantGrowth 是 data.frame，它是表的 R 名稱。data.frame 包含兩列和 30 行。在這種情況下，每行對應一個工廠。兩列的詳細資訊顯示在以 $ 開頭的行中：第一列稱為 weight 幷包含數字（num，相應植物的乾重）。第二欄，group，包含植物所經受的處理。這是分類資料，在 R 中稱為 factor。閱讀有關資料幀的更多資訊 。
為了比較三個不同組的幹質量，使用 anova(lm( ... )) 進行單向 ANOVA。weight ~ group 的意思是“比較列 weight 的值，按列 group 的值進行分組”。這在 R.中稱為公式 .data = ... 指定可以找到資料的表的名稱。
結果表明，除其他外，三組之間存在顯著差異（列 Pr(>F)），p = 0.01591）。必須執行像 Tukey 測試這樣的事後測試，以確定哪些組的平均值存在顯著差異。
boxplot(...) 建立資料的箱形圖。要繪製的值來自哪裡。weight ~ group 意思是：“畫出列權重的值相對於所述柱 group 的值 ylab = ... 指定 y 軸的標籤的更多資訊：。基地繪圖
輸入 q() 或 Ctrl - D 退出 R 會話。
R 指令碼
要記錄你的研究，最好將用於計算的命令儲存在檔案中。為此，你可以建立 R 指令碼。R 指令碼是一個簡單的文字檔案，包含 R 命令。
建立一個名為 plants.R 的文字檔案，並使用以下文字填充它，其中一些命令在上面的程式碼塊中是熟悉的：
data(PlantGrowth)
anova(lm(weight ~ group, data = PlantGrowth))
png("plant_boxplot.png", width = 400, height = 300)
boxplot(weight ~ group, data = PlantGrowth, ylab = "Dry weight")
dev.off()
通過在終端中輸入指令碼來執行指令碼（作業系統的終端，而不是上一節中的互動式 R 會話！）
R --no-save <plant.R >plant_result.txt
檔案 plant_result.txt 包含計算結果，就好像你已將它們輸入到互動式 R 提示中一樣。因此，你的計算記錄在案。
新命令 png 和 dev.off 用於將箱線圖儲存到磁碟。這兩個命令必須包含繪圖命令，如上例所示。png("FILENAME", width = ..., height = ...) 開啟一個新的 PNG 檔案，其中包含指定的檔名，寬度和高度（以畫素為單位）。dev.off() 將完成繪圖並將繪圖儲存到磁碟。在呼叫 dev.off() 之前不會儲存輸出。