使用 AWK 線性化 FASTA 序列

逐行閱讀

awk '/^>/ {printf("%s%s\t",(N>0?"\n":""),$0);N++;next;} {printf("%s",$0);} END {printf("\n");}' < input.fa

可以將此 awk 指令碼讀作：

• 如果當前行（$0）像 fasta 標題（^>）那樣開始。然後我們列印一個回車符，如果這不是第一個序列。(N>0?"\n":"") 跟隨線本身（$0），接著是製表（\t）。我們尋找下一行（next;）
• 如果當前行（$0）沒有像 fasta 標頭那樣啟動，則這是預設的 awk 模式。我們只是列印整行，沒有回車。
• 最後（END）我們只列印最後一個序列的回車符。