以 fasta 格式編寫序列

這是一個用於以 fasta 格式編寫序列的 python 示例函式。

引數：

• filename(String) - 以 fasta 格式寫入序列的檔名。
• seq(String) - DNA 或 RNA 序列。
• id(String) - 給定序列的 ID。
• desc(String) - 給定序列的簡短描述。

import math

    def save_fsta(filename,seq,id,desc):
        fo = open(filename+'.fa',"a")
        header= str(id)+' <'+desc+'> \n'
        fo.write(header)
        count=math.floor(len(seq)/80+1)
        iteration = range(count)
        for i in iteration:
            fo.write(seq[80*(i):80*(i+1)]+'\n')        
        fo.write('\n \n')
        fo.close()

另一種方法是使用 textwrap

import textwrap

def save_fasta(filename,seq, id, desc):
    filename+='.fa'
    with open(filename, 'w') as f:
        f.write('>'+id+' <'+desc+'>\n');
        text = textwrap.wrap(seq,80);
        for x in text:
            f.write(x+'\n');