GCT

所述 GCT 檔案格式是用於描述處理的基因表達或 RNAi 資料，典型地從微陣列晶片分析得到的製表符分隔的文字檔案格式。該資料排列為每行一個帶註釋的基因或探針，每列一個晶片樣品（超出註釋列）。例如：

#1.2            
22215    2        
Name    Description    Tumor_One    Normal_One
1007_s_at    DDR1    -0.214548    -0.18069
1053_at    RFC2    0.868853    -1.330921
117_at    HSPA6    1.124814    0.933021
121_at    PAX8    -0.825381    0.102078
1255_g_at    GUCA1A    -0.734896    -0.184104
1294_at    UBE1L    -0.366741    -1.209838

在此示例中，第一行指定 GCT 檔案規範的版本，在本例中為 1.2。第二行指定資料行數（22215）和樣本數（2）。標題行指定兩個註釋列（晶片探針組識別符號為 Name，探針組覆蓋的基因符號為 Description）和待測樣品的名稱（Tumor_One 和 Normal_One）。標題之外的每行資料列出單個探針組識別符號（在這種情況下，Affymetrix 基因晶片探針組），其相應的基因符號（如果存在），以及每個樣品的標準化值。樣品資料值將根據測定型別和標準化方法而變化，但通常是帶符號的浮點數值。