從 nucl blastdb 中提取 fasta 序列

你可以使用 blastdbcmd 從 fasta 檔案構造的 blastdb 中提取 fasta 序列，blastdbcmd 應該在安裝 makeblastdb 時安裝。

blastdbcmd -entry all -db <database label> -out <outfile>

如果你有一個名為 my_database 的資料庫，其中包含檔案 my_database.nhr，my_database.nsq，my_database.nin，並且你希望將你的 fasta 輸出檔案稱為 reference.fasta，則執行以下命令：

blastdbcmd -entry all -db my_database -out reference.fasta