从存储库下载并安装软件包

包是以明确定义的格式的 R 函数，数据和编译代码的集合 。公共（和私有）存储库用于托管 R 包的集合。CRAN 提供最大的 R 包集合。

使用 CRAN

可以使用以下代码从 CRAN 安装软件包 ：

install.packages("dplyr")

其中 dplyr 被称为字符向量。

通过使用组合函数 c() 并传递一系列包名称的字符向量，可以一次安装多个包：

install.packages(c("dplyr", "tidyr", "ggplot2"))

在某些情况下，install.packages 可能会提示 CRAN 镜像或失败，具体取决于 getOption("repos") 的值。要防止这种情况，请将 CRAN 镜像指定为 repos 参数：

install.packages("dplyr", repos = "https://cloud.r-project.org/") 

使用 repos 参数，也可以从其他存储库安装。有关所有可用选项的完整信息，请运行 ?install.packages。

大多数软件包都需要在其他软件包中实现的功能（例如软件包 data.table）。为了安装包（或多个包）包含此给定包使用的所有包，参数 dependencies 应设置为 TRUE）：

install.packages("data.table", dependencies = TRUE)

使用 Bioconductor

Bioconductor 拥有大量与 Bioinformatics 相关的软件包。他们提供以 biocLite 功能为中心的自己的包管理：

    ## Try http:// if https:// URLs are not supported
    source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
    biocLite()

默认情况下，这会安装提供最常用功能的软件包子集。可以通过传递包名称的向量来安装特定包。例如，要从 Bioconductor 安装 RImmPort：

    source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
    biocLite("RImmPort")