基本模型拟合

道歉 ： 既然我不知道讨论/提供改进请求反馈的渠道，我将在此提出我的问题。请随意指出一个更好的地方！ @DataTx 声称这是“完全不清楚，不完整或有严重的格式问题”。由于我没有看到任何大的格式问题（:-)），所以对于提高清晰度或完整性所期待的内容以及为什么这里的不可解决性更加有用的指导会很有用。

在 R 中拟合分层（或者混合或多级）线性模型的主要包是 nlme（较旧）和 lme4（较新）。这些包装在许多方面有所不同，但通常应该产生非常相似的装配模型。

library(nlme)
library(lme4)
m1.nlme <- lme(Reaction~Days,random=~Days|Subject,data=sleepstudy,method="REML")
m1.lme4 <- lmer(Reaction~Days+(Days|Subject),data=sleepstudy,REML=TRUE)
all.equal(fixef(m1.nlme),fixef(m1.lme4))
## [1] TRUE

需要考虑的差异：

• 公式语法略有不同
• nlme（仍）更好地记录（例如，在 S-PLUS 中的 Pinheiro 和 Bates 2000 混合效应模型 ;但是，参见 Bates 等人 2015 年统计软件期刊 / vignette("lmer",package="lme4") for lme4）
• lme4 更快，可以更容易地拟合交叉随机效应
• nlme 提供开箱即用的线性混合模型的 p 值，lme4 需要附加软件包，如 lmerTest 或 afex
• nlme 允许建立异方差性或残差相关性（空间/时间/系统发育）

非官方 GLMM FAQ 提供了更多信息，尽管它专注于广义线性混合模型（GLMM）。