編譯語言的 ODE - 基準測試

當你編譯並載入以前三個示例中的程式碼（編譯語言中的 ODE - R 中的定義，編譯語言中的 ODE - C 中的定義和編譯語言中的 ODE - fortran 中的定義）時，你可以執行基準測試。

library(microbenchmark)

R <- function(){
  out <- ode(y = yini, times = times, func = caraxis_R,
             parms = parameter)
}

C <- function(){
  out <- ode(y = yini, times = times, func = "caraxis_C",
             initfunc = "init_C", parms = parameter,
             dllname = dllname_C)
}

fortran <- function(){
  out <- ode(y = yini, times = times, func = "caraxis_fortran",
             initfunc = "init_fortran", parms = parameter, 
             dllname = dllname_fortran)
}

檢查結果是否相等：

all.equal(tail(R()), tail(fortran()))
all.equal(R()[,2], fortran()[,2])
all.equal(R()[,2], C()[,2])

制定基準（注意：在你的機器上，時間當然是不同的）：

bench <- microbenchmark::microbenchmark(
  R(), 
  fortran(),
  C(),
  times = 1000
)

summary(bench)

     expr         min        lq       mean     median         uq        max neval cld
      R()   31508.928 33651.541 36747.8733 36062.2475 37546.8025 132996.564  1000   b
fortran()     570.674   596.700   686.1084   637.4605   730.1775   4256.555  1000  a 
      C()     562.163   590.377   673.6124   625.0700   723.8460   5914.347  1000  a 

我們清楚地看到，R 與 C 和 fortran 中的定義形成鮮明對比。對於大型模型，用編譯語言翻譯問題是值得的。包 cOde 是將 ODE 從 R 轉換為 C 的一種可能性。